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如何正確在論文中使用細菌學名

在一篇學術文章中準確寫出細菌學名對科學家來說是一個挑戰,因為指導方針會隨著新的發現而產生改變,,而且拉丁文名稱也會讓人困惑不已。本文將概述研究人員在使用細菌學名時遇到的最大問題,並提供一些提示幫助您掌握正確的命名方法。

細菌是如何命名的?

國際原核生物系統學委員會(ICSP)制定了指導方針來解釋細菌的正確命名方法或命名系統,這個系統被稱為細菌代碼,每個細菌學名都有一個由兩部分組成的二項式名稱:屬名(表示它屬於哪個屬)和種名。

在論文中提到細菌時,作者應在文本中使用底線或斜體標出細菌學名。在首次提到微生物的完整名稱後,可以將細菌學名的屬名稱縮寫為大寫字母,例如Moraxella bovis可以寫成M.bovis。

小提醒:國際原核生物系統學委員會(ICSP)建議在出版物的摘要中再次拼寫出所有細菌的全名。

在討論未命名物種的細菌學名時,縮寫“sp.”用於指單個未命名物種。而“spp.”寫在一個細菌學名的屬之後,指的是不止一個未命名的物種。例如,Moraxella sp.將用於討論一個未命名的Moraxella物種。

小提醒:細菌通常被分為亞種,亞種由生物型、化學型、化學型、品種、形態型、病理型、血清型和狀態等亞型來表示。

這些細分應該用純文字寫在附加斜體或底線的細菌學名之前。例如,豆科根瘤菌的細菌學名“Rhizobium leguminosarum biovar viciae”應該正確地寫為Rhizobium leguminosarum biovar viciae

微生物命名法使用中的常見問題

研究人員在使用細菌學名時會遇到一些共同的問題。首先是很容易想到的問題是不同類型的細菌學名在名稱縮寫時看起來是相同的。比如M. bovis可以表示Moraxella bovis, Mycoplasma bovis或者Mycobacterium bovis。在這種可能產生混淆的情況下,作者應該注意避免使用細菌學名的縮寫,或者一定要清楚地說明正在討論的是哪個細菌。

研究人員在微生物命名法方面遇到的其他問題則更為複雜。雖然細菌代碼通常被解釋為細菌學名的“官方”列表,但該代碼僅提供了細菌學名的指導原則,這就會出現科學研究中的分歧、發現和進化。例如,一組研究人員可能會將一種細菌歸為A屬。同樣,另一組研究人員可能在進行不同的研究時將該細菌歸為B屬。繼續我們之前的bovis示例,一種細菌學名在一篇文章中可能被稱為A bovis,而在另一篇文章中細菌學名可能被稱為B bovis。

怎麼知道使用的微生物命名法是否有效?

許多研究人員錯誤地認為,最新公佈的細菌學名就是“正確”的。然而正如上述,事實並非如此。一個細菌可能以不同的細菌學名出現在不同的文獻中,比如以一個細菌學名發表在《國際系統與進化微生物學雜誌》上,以另外一個細菌學名在“驗證列表”中聲明。換句話說,細菌學名的命名是一個科學判斷和共識的問題。例如,科學界很快接受了使用Helicobacter pylori替代Campylobacter pylori作為幽門螺桿菌的細菌學名,而Tatlockia micdadei卻沒有被普遍接受用來替代Legionella micdadei作為軍團菌的細菌學名。

最後,ICSP沒有給出如何在亞種之後指示分類群的細菌學名具體指南,例如菌株命名。菌株名稱應遵循屬和種,通常是數位和字母的組合。例如,幽門螺桿菌的細菌學名可以寫成Helicobacter pylori K164:K7,其中K164:K7表示您工作中使用的特定菌株。

如果對寫作中正確使用的細菌學名有疑問,首要參考文獻是《國際細菌命名法典》(1990年修訂)。同時隨時瞭解您所在領域的相關出版物,並注意有關細菌分類的所有分歧或新發現。最後請記住,細菌學名是一個基於科學判斷和共識的問題。

本文首發於英論閣學術院。原文閱讀 https://www.enago.com/academy/write-scientific-names-in-a-research-paper-bacteria/

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